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转化医学网专访:深度剖析无创监测肿瘤进展国(2)
作者:网站采编关键词:
摘要:使用该监测panel定期对患者外周血(或其他体液)中的ctDNA丰度进行检测,从而评估MRD水平。配对的临床全外显子组测序(CWES)技术, 它能够覆盖肿瘤基因
转化医学网:
王总,请您介绍一下此次领星生物授权的国际专利中关于自主研发的CSMT算法,以及此次专利发明进行过程中的研发突破、核心优势
王冠:要想区别在血液中检测到的突变是否来自于肿瘤,需要血液中检测的精准度非常高。因为主要会有两类干扰因素影响我们明确识别出血液中的突变来自于肿瘤。第一,游离的ctDNA在血液中或者空气中,很容易受到氧化或者脱氨的作用而导致突变,这个是没有办法避免的;第二,会有一些血源性的细胞的突变,类似于常见的TP53突变,这类突变同时也是肿瘤中的常见突变。
为了避免这两类现象,我们会通过全外显子组测序的肿瘤组织和血液对照,利用一些内部的数据库区分哪些是在肿瘤中的特异性突变,哪些是血源性突变。我们把肿瘤的所有特异性突变分为三种类型,第一种是干系突变,即肿瘤克隆性突变,这些干系突变对于在血液中的ctDNA监测是非常有用的;第二种是亚克隆突变;第三种是肿瘤耐药突变。
CSMT算法的优化之处在于克隆百分比的精准定量。我们用一个连锁的方式来平衡计算整个肿瘤的染色体改变和杂合性缺失,之后给肿瘤中的每一个突变位点做克隆度的百分比计算,如果百分之百的就是干系突变。对于亚克隆突变和肿瘤耐药突变,我们会以5%以内克隆的精确度来进行精准地定量。
有了这些克隆百分比之后,领星实验室会优先从干系突变中挑选出20-30个突变位点,设计一个定制的PCR panel 。同时,用组织和血液样本对这个panel进行验证,得到的一个高精度和验证过的个体化MRD检测试剂盒,后续用于持续检测此患者的血液ctDNA,监测肿瘤进展。
基于积累的四五百例真实世界患者数据(RWD),我们针对不同的应用分别开发出不同的算法和软件包,有肿瘤克隆丰度算法、MRD检测算法、药物疗效评价算法、肿瘤耐药克隆进化算法。
转化医学网:
NGS在肿瘤精准诊疗领域的应用已经相对成熟,肿瘤MRD检测的应用才刚刚开始,此次领星无创监测肿瘤进展的国际专利授权将会对领星未来的产品规划、发展布局产生哪些积极影响?
戴春博士:NGS在肿瘤精准检测领域的应用已经相对成熟,在这个行业,大家都想找到突破点。液态活检其实是一种很好的工具,不仅无创、可以减少肿瘤异质性影响还可以对各种状态的患者进行检测。ctDNA早筛是液态活检的一个应用方向,在中国,大部分癌症患者确诊时在中晚期,肿瘤早筛有望提高早期患者占比,更早实现治疗,从而提高患者五年生存率。不过我们觉得ctDNA早筛的效果和后续治疗相结合还需要一定的时间,比如说ctDNA先于影像学筛查出肿瘤突变,对于这种状态的患者如何做干预,如何治疗,目前还不是很明确。我们领星的产品规划把重心放在ctDNA MRD的监测。现在,肿瘤MRD监测的应用才刚刚开始,领星的数据表明通过领星ctDNA监测技术监测肿瘤患者的疾病进展、耐药,预测肿瘤的复发,跟患者的实际的疾病的变化情况一致率是非常高的,再加上现在国外,像Natera开展的一系列的临床研究的数据证明,ctDNA MRD是非常好的监测工具,它可以准确有效地预测微小残留病灶,判断肿瘤的复发,预测特定治疗的疗效。
文章来源:《国际检验医学杂志》 网址: http://www.gjjyyx.cn/zonghexinwen/2022/0512/330.html
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